Martin Zauner erhielt seine Ausbildung am Brucknerkonservatorium in Linz. Um die Schule zu finanzieren, spielte er am Linzer Kellertheater. Sein erstes Engagement hatte er am Tiroler Landestheater, dort schnupperte er auch in die Operette. Es folgte der Entschluß, im komischen Fach zu bleiben, weil er sich dort am wohlsten fühlt. In der Folge rief ein Engagement ans Volkstheater München, er wechselte von dort ans Residenztheater München, wo er fünf Jahre lang engagiert war.

Von München nach Wien - und hier glücklich. Wichtige Rollen: Trincolo ("Der Sturm"), Tranio ("Der Widerspenstigen Zähmung"), Hartmann ("Des Teufels General"), O´Hara ("Arsen und Spitzenhäubchen"). An der Josefstadt brillierte er u. a. als Yvan in "KUNST", Valère in "Der Geizige", als "Der Mustergatte", als Einstein in "Picasso", als Schupo in "Glaube, Liebe, Hoffnung", und als "Nervensäge", in "Der verkaufte Großvater", "Ein Sommernachtstraum", Der keusche Lebemann"/, "Viel Lärm um Nichts"/Holzapfel, "Halbe Wahrheiten"/Greg, "Das verflixte siebte Jahr"/Richard, "Der Hausmeister"/Aston und in "Kanari"/Roland Moser, in "Der grüne Kakadu" und Brown in in "Die Dreigroschenoper", "Der Hausfreund" und "Der Tag, an dem der Papst gekidnappt wurde". Zuletzt als Oscar in "Ein seltsames Paar" und in "Wie man Hasen jagt". In den Kammerspielen spielte er in "Schwejk", "Alltagsgeschichten", "Der Gast und Butterbrot". In der Josefstadt in "Mein Nestroy", "Der Revisor", "Unverhofft", "Jugend ohne Gott" und "Moser".

Sein Regiedebüt gab er 2005 mit "Eine Bank in der Sonne" in den Kammerspielen.