Josef E. Köpplinger wurde in Niederösterreich geboren. Er studierte an der Hochschule für Musik und Darstellende Kunst in Wien und besuchte Seminare in New York und London.

Ein erstes Festengagement erhielt er durch Marietheres List an die Städtischen Bühnen Regensburg. Seine Regiekarriere führte ihn von Wien über Deutschland in die Schweiz, nach Frankreich, England, Amerika und Japan.
Sein Repertoire umfasst alle Sparten von Schauspiel über Oper bis zu Operette und Musical. Für das Musicalfestival Schloss Prugg/NÖ wurde er zum jüngsten Intendanten Österreichs berufen.

2004-2007 war er Schauspieldirektor am Theater in St. Gallen. 2005 konnte er den Stückewettbewerb St. Galler Autorentage ins Leben rufen, außerdem begründete er die St. Galler Festspiele mit.
2007-2012 war Josef E. Köpplinger Intendant des Stadttheaters Klagenfurt. Dort gründete er 2009 den MUT-Wettbewerb für musikalisches Unterhaltungstheater und inszenierte u.a. die Uraufführungen von Peter Turrinis "Silvester" und von der verschollenen Cherubini-Oper "Koukourgi", die von 3Sat live übertragen wurde.

Gastregien waren u.a.: "Show Boat" (Opéra national du Rhin, 2002), "Der tollste Tag" (Volkstheater Wien, 2003), "Gräfin Mariza" (2004) und "Der Opernball" (2005) am Gärtnerplatztheater, "Il barbiere di Siviglia" (National Opera Tokyo, 2005), Kienzls "L'Upupa" (Hamburgische Staatsoper, 2006), "Les Misérables" (2007), "West Side Story" (2008) und "Le nozze di Figaro" (2010) an der Grazer Oper, "Hello, Dolly!" (Volksoper Wien, 2010), Schnitzlers "Das weite Land" (Theater in der Josefstadt Wien, 2010) und "La traviata" (Aalto-Theater Essen, 2012).

Mit der Spielzeit 2012/2013 hat Josef E. Köpplinger die Intendanz des Gärtnerplatztheaters übernommen und inszenierte hier seitdem u.a. "Im weißen Rössl", "Anything Goes", die Uraufführung von Friedrich Cerhas Oper "Onkel Präsident", "Der Mann von La Mancha", die kontinentale Erstaufführung von "Tschitti Tschitti Bäng Bäng", "Die Zirkusprinzessin", "Cinderella" und Musical-Uraufführung "Gefährliche Liebschaften" von Marc Schubring und Wolfgang Adenberg.

2012 zeichnete ihn die Münchner Presse mit dem "AZ-Stern des Jahres" und sein Team mit dem "tz-Rosenstrauß" aus, 2013 wurde Josef E. Köpplinger der Kulturpreis Bayern verliehen. 2014 folgte ein weiterer "AZ-Stern des Jahres" für seine Inszenierung von "Die Zirkusprinzessin".

Zuletzt war Josef E. Köpplinger im Theater in der Josefstadt verantwortlich für die Regie bei "Der Gockel", für die Regie sowie das Licht bei "Der Bauer als Millionär" und für die Regie und Dramaturgie bei "Jeder stirbt für sich allein".