Die Zeitschrift Theater heute wählte sie für ihre Rollen in Süden von Julien Green und Sommer von Edward Bond, beide unter der Regie von Andrea Breth, zur besten Nachwuchsschauspielerin des Jahres 1987. 1991 wechselte sie ans Wiener Burgtheater, wo sie unter anderem in den Stücken Clavigo und Liliom zu sehen war. Für ihre Darstellung der Honey in Wer hat Angst vor Virginia Woolf? unter der Regie von Hans Neuenfels wurde sie mit der Kainz-Medaille der Stadt Wien ausgezeichnet.1994 ging sie für zwei Jahre an die Schaubühne am Lahniner Platz in Berlin, danach kehrte sie ans Burgtheater zurück. Sie war seitdem unter anderem in Inszenierungen von Matthias Hartmann, Luc Bondy und Karin Henkel zu sehen. Zudem stand sie mehrere Male bei den Salzburger Festspielen auf der Bühne.

Andrea Clausen ist in mehreren Hörspielen und Filmen zu hören und zu sehen, darunter in Fremdes Land oder Als die Freiheit noch zu haben war.